Ainda de acordo com a viúva, que já prestou depoimento e não teve a identidade revelada, pelo menos três homens participaram da ação. Os criminosos mantiveram as vítimas em cômodos separados e fugiram levando armas que faziam parte da coleção do oficial. A polícia informou que os peritos não encontraram marcas de tiros no local, porém não foi descartada a hipótese de que ele tenha sido baleado. O crime ocorreu cerca de um mês depois de Malhães ter admitdo na Comissão Nacional da Verdade que teve participação em torturas e desaparecimentos durante a ditadura, inclusive o do ex-deputado Rubens Paiva.
Segundo o delegado Fábio Salvadoretti, que investiga o caso, o local não tem câmeras de segurança. A mulher e o caseiro não conseguiram reconhecer os criminosos, mas afirmam que não sofreram violência física. O corpo de Paulo Malhães foi levado para o Instituto Médico Legal de Nova Iguaçu. A associação que reúne militares da reserva do Exército, o Clube Militar, informou que não se pronunciará sobre o caso por não conhecer as circunstâncias da morte do coronel. O chefe de gabinete da presidência da instituição, coronel Figueira Santos, afirmou que a associação só irá se manifestar caso surja um “fato novo”. O Comando Militar do Leste, no Rio, informou também que não vai comentar o caso, já que as investigações estão a cargo da Polícia Civil.